Arts Universe and Philology

Arts Universe and Philology
The blog "Art, Universe, and Philology" is an online platform dedicated to the promotion and exploration of art, science, and philology. Its owner, Konstantinos Vakouftsis, shares his thoughts, analyses, and passion for culture, the universe, and literature with his readers.

Σάββατο 22 Φεβρουαρίου 2020

Τεχνητή νοημοσύνη βρήκε νέο αντιβιοτικό που εξοντώνει μερικά από τα πιο ανθεκτικά μικρόβια. Powerful antibiotic discovered using machine learning for first time

Ένα σύστημα τεχνητής νοημοσύνης που ανέπτυξαν ερευνητές του Πανεπιστημίου ΜΙΤ στις ΗΠΑ, βρήκε ένα ισχυρό νέο αντιβιοτικό (halicin), το οποίο μπορεί να καταστρέψει πολλά είδη βακτηρίων ανθεκτικών σε άλλα αντιβιοτικά όπως τα carbapenem. Team at MIT says halicin kills some of the world’s most dangerous strains. The culture plate on the right has bacteria that is resistant to all of the antibiotics tested. Photograph: Science History Images/Alamy

Είναι η πρώτη φορά που η τεχνητή νοημοσύνη βρήκε εκ του μηδενός ένα νέο αντιβιοτικό και μάλιστα πανίσχυρο, ανοίγοντας νέες δυνατότητες στο πεδίο της φαρμακευτικής, καθώς κάτι ανάλογο θα μπορούσε μελλοντικά να γίνει και για άλλους είδους φάρμακα, π.χ. για νευροεκφυλιστικές παθήσεις ή για τον καρκίνο. Οι επιστήμονες αισιοδοξούν ότι το «έξυπνο» σύστημα θα μπορεί να σχεδιάσει διάφορα νέα φάρμακα, με βάση όσα έχει μάθει για τις χημικές δομές που επιτρέπουν στα φάρμακα να σκοτώνουν τα βακτήρια.

Ο ειδικός αλγόριθμος

Deep learning AI can recognize individual faces. The same technology is being adapted to recognize potential antibiotics from millions of chemicals. Credit: Ginap.salazarb/Wikimedia Commons, CC BY-SA

Χρησιμοποιώντας ένα νέο αλγόριθμο μηχανικής μάθησης, οι επιστήμονες και μηχανικοί, με επικεφαλής τον καθηγητή Ιατρικής Μηχανικής & Επιστήμης Τζέιμς Κόλινς και την καθηγήτρια του Τμήματος Ηλεκτρολόγων Μηχανικών & Υπολογιστών Ρετζίνα Μπαρζιλάι, που έκαναν τη σχετική δημοσίευση στο περιοδικό βιολογίας Cell (Κύτταρο), ανέλυσαν πολλές υποψήφιες χημικές ουσίες, βρίσκοντας τελικά μία με ισχυρές αντιβιοτικές ιδιότητες.

Κατά τις τελευταίες δεκαετίες έχουν βρεθεί ελάχιστα νέα αντιβιοτικά και τα περισσότερα δεν είναι παρά ελαφρώς παραλλαγμένες εκδοχές προϋπαρχόντων φαρμάκων. Οι σημερινές μέθοδοι ανάπτυξης νέων αντιβιοτικών είναι πολύ δαπανηρές, χρονοβόρες και συνήθως περιορίζονται σε μια μικρή γκάμα χημικών ουσιών.

«Αντιμετωπίζουμε μια εντεινόμενη κρίση λόγω αφενός ενός αυξανόμενου αριθμού παθογόνων μικροοργανισμών που γίνονται ανθεκτικοί στα υπάρχοντα αντιβιοτικά και αφετέρου μιας αναιμικής ανακάλυψης νέων αντιβιοτικών από τις φαρμακευτικές και βιοτεχνολογικές εταιρείες. Αν δεν αντιμετωπίσουμε την κρίση έως το 2050, οι θάνατοι κάθε χρόνο λόγω λοιμώξεων από ανθεκτικά βακτήρια θα φθάσουν τα δέκα εκατομμύρια, περισσότεροι και από τους ετήσιους θανάτους από καρκίνο», δήλωσε ο Κόλινς.

Η ταυτότητα του νέου αντιβιοτικού

Η τεχνητή νοημοσύνη αποτελεί το νέο συμπαραστάτη σε αυτή την προσπάθεια, καθώς υπόσχεται να βρει τελείως νέα αντιβιοτικά, πιο γρήγορα και με πολύ χαμηλότερο κόστος. Το νέο αντιβιοτικό, το οποίο δοκιμάσθηκε στο εργαστήριο, εξόντωσε αρκετά στελέχη βακτηρίων που είναι ανθεκτικά σε όλα τα γνωστά αντιβιοτικά (Clostridium difficile, Acinetobacter baumannii, Mycobacterium tuberculosis, Enterobacteriaceae κ.α.), με εξαίρεση το ανθεκτικό βακτήριο Pseudomonas aeruginosa που πλήττει τους πνεύμονες. Επίσης «καθάρισε» μέσα σε 24 ώρες τις λοιμώξεις σε πειραματόζωα (ποντίκια) που είχαν κολλήσει Acinetobacter baumannii, ένα πολύ ανθεκτικό βακτήριο που έχει μολύνει πολλούς Αμερικανούς στρατιώτες στο Ιράκ και το Αφγανιστάν.

Ακόμη, το γνωστό E.coli διαπιστώθηκε ότι δεν αναπτύσσει ανθεκτικότητα στο νέο αντιβιοτικό μετά από θεραπεία διάρκειας 30 ημερών με αυτό. Αντίθετα, ο εν λόγω μικροοργανισμός αναπτύσσει αντίσταση π.χ. στο αντιβιοτικό σιπροφλοξασίνη της κατηγορίας των κινολονών μέσα σε μόνο μία έως τρεις μέρες.

«Αναπτύξαμε μια πλατφόρμα που μας επιτρέπει να χαλιναγωγήσουμε τη δύναμη της τεχνητής νοημοσύνης, ώστε να ανοίξουμε το δρόμο για μια νέα εποχή στην ανακάλυψη νέων αντιβιοτικών. Έτσι, ανακαλύψαμε ήδη ένα εντυπωσιακό μόριο, το οποίο είναι αναμφισβήτητα ένα από τα πιο ισχυρά αντιβιοτικά που έχει ποτέ ανακαλυφθεί», ανέφερε ο Κόλινς.

Πώς «εκπαιδεύτηκε» ο αλγόριθμος

Figure 1. Machine Learning in Antibiotic Discovery. Modern approaches to antibiotic discovery often include screening large chemical libraries for those that elicit a phenotype of interest. These screens, which are upper bound by hundreds of thousands to a few million molecules, are expensive, time consuming, and can fail to capture an expansive breadth of chemical space. In contrast, machine learning approaches afford the opportunity to rapidly and inexpensively explore vast chemical spaces in silico. Our deep neural network model works by building a molecular representation based on a specific property, in our case the inhibition of the growth of E. coli, using a directed message passing approach. We first trained our neural network model using a collection of 2,335 diverse molecules for those that inhibited the growth of E. coli, augmenting the model with a set of molecular features, hyperparameter optimization, and ensembling. Next, we applied the model to multiple chemical libraries, comprising >107 million molecules, to identify potential lead compounds with activity against E. coli. After ranking the candidates according to the model’s predicted score, we selected a list of promising candidates.

Η αρχική «εκπαίδευση» του αλγόριθμου έγινε μέσω τροφοδοσίας του με περίπου 2.500 μόρια δραστικών ουσιών, εκ των οποίων τα 1.700 ήσαν φάρμακα εγκεκριμένα από την αρμόδια εποπτική αρχή των ΗΠΑ, την Υπηρεσία Τροφίμων και Φαρμάκων (FDA), ενώ τα υπόλοιπα 800 ήσαν φυσικά προϊόντα. Μετά την «μόρφωση» του, το «έξυπνο» σύστημα δοκιμάστηκε σε περίπου 6.000 άλλα μόρια με πιθανή αντιβιοτική δράση, τα οποία περιέχονται στη βάση δεδομένων Drug Repurposing Hub. Από αυτά -μέσα σε μερικές μόνο ώρες- η τεχνητή νοημοσύνη επέλεξε 100 υποψήφια για φυσικές δοκιμές και τελικά ένα μόριο με χημική δομή διαφορετική από κάθε γνωστό αντιβιοτικό βρέθηκε να είναι το πιο αποτελεσματικό κατά του βακτηρίου E.coli.

Η ουσία αυτή, που ονομάστηκε «halicin», παραπέμποντας στο διάσημο σύστημα τεχνητής νοημοσύνης HAL του βιβλίου και της ταινίας «2001: Οδύσσεια του Διαστήματος», είχε στο παρελθόν εξετασθεί ως πιθανό αντιδιαβητικό φάρμακο, αλλά χωρίς επιτυχία. Οι ερευνητές σκοπεύουν να κάνουν περαιτέρω δοκιμές της halicin σε συνεργασία με φαρμακευτική εταιρεία ή μη κερδοσκοπικό οργανισμό, ώστε τελικά να αναπτύξουν ένα αντιβιοτικό για χρήση στους ανθρώπους.

Επίσης το ίδιο σύστημα τεχνητής νοημοσύνης, ψάχνοντας σε μια βάση δεδομένων (ZINC15) με 107 εκατομμύρια μόρια, έφερε στο φως άλλες 23 υποψήφιες δραστικές αντιμικροβιακές ουσίες. Μετά από δοκιμές σε ζώα, οι επιστήμονες κατέληξαν σε οκτώ με αντιβακτηριακές ιδιότητες και από αυτές ιδίως δύο είναι πολλά υποσχόμενες να αποτελέσουν αντιβιοτικά, γι’ αυτό θα δοκιμασθούν περαιτέρω.





Δευτέρα 17 Φεβρουαρίου 2020

Τζορντάνο Μπρούνo: Ένας μάρτυρας της επιστήμης. Giordano Bruno: a martyr to science

O ανδριάντας του Τζορντάνο Μπρούνο στο Κάμπο ντε Φιόρι. Statue of Giordano Bruno, erected at Campo de' Fiori in Rome, 1889. Photograph: /flickr

Σαν σήμερα, το 1600, καίγεται στην πυρά ο «αιρετικός» Τζορντάνο Μπρούνo, ένας φιλόσοφος, κοσμολόγος και αποκρυφιστής που αρνείται να αποκηρύξει τη δική του θρησκεία, την επιστήμη και τη φιλοσοφία. Το επικίνδυνο – για την Καθολική Εκκλησία και τον ίδιο- έργο του, συνδυάζει αστρονομικές ιδέες για ένα άπειρο και ομοιογενές σύμπαν, πανθεϊστικά πιστεύω, καθώς και την τέχνη της απομνημόνευσης.

The earliest depiction of Bruno is an engraving published in 1715 in Germany, presumed based on a lost contemporary portrait.

Γεννιέται στη Νόλα της Ιταλίας, το 1548, και σε ηλικία μόλις 11 ετών μετακομίζει για σπουδές στη Νάπολη, όπου εντάσσεται στο Τάγμα των Δομινικανών, και το 1572 γίνεται ιερέας.

Woodcut illustration of one of Giordano Bruno's less complex mnemonic devices.

Παράλληλα, αναπτύσσει ένα μοναδικό και ιδιαίτερα πολύπλοκο μνημονικό σύστημα, το οποίο βασίζεται στην οργάνωση της γνώσης, και καλείται να το παρουσιάσει ενώπιον του Πάπα, ο οποίος τον τιμά για την εξέχουσα ικανότητά του. Ωστόσο, ο Τζορντάνο Μπρούνο έχει μια κακή συνήθεια: σκέφτεται ελεύθερα.

Illuminated illustration of the Ptolemaic geocentric conception of the universe. The outermost text reads "The heavenly empire, dwelling of God and all the selected".

Η κοσμολογική του αντίληψη ξεπερνά, όχι μόνο το δόγμα της Εκκλησίας, αλλά και το ριζοσπαστικό μοντέλο του Κοπέρνικου, καθώς αρνείται τον ηλιοκεντρισμό και αντιλαμβάνεται τον Ήλιο ως ένα μόνο από τα άπειρα κινούμενα ουράνια σώματα.

Ο Αβερρόης σε πίνακα του Andrea Bonaiuto, 14ος αιώνας. Averroes in a 14th-century painting by Andrea di Bonaiuto.

Είναι ο πρώτος Ευρωπαίος που κοιτάει τα αστέρια και τα βλέπει ως ήλιους. Επιρροές του είναι η αραβική αστρονομία, ο νεοπλατωνισμός και ο ερμητισμός της Αναγέννησης, ενώ διαβάζει με μεγάλο πάθος για τη φιλοσοφία τα έργα του Θωμά Ακινάτη, του Ερμή του Τρισμέγιστου, του νεοπλατωνιστή Μαρσίλιο Φιτσίνο, του Νικόλαου της Κιούζα και του Αβερρόη, με τον οποίο ταυτίζεται στην ιδέα για ένα «παγκόσμιο μυαλό».

Woodcut from "Articuli centum et sexaginta adversus huius tempestatis mathematicos atque philosophos", Prague 1588.

Κάπως έτσι, ο Μπρούνο αρχίζει να αμφισβητεί το θεολογικό δόγμα, και αναπτύσσει ένα πανθεϊστικό υλοζωιστικό σύστημα το οποίο, ναι μεν αποδέχεται τη ύπαρξη του θεού, αλλά αντιβαίνει απόλυτα στις χριστιανικές τριαδικές πεποιθήσεις.

Όπως θα ομολογήσει αργότερα, κάνει μια μάλλον «άτακτη» μοναστική ζωή: δύο φορές αφαιρεί τα αγαλματίδια Αγίων, αφήνοντας μόνο το σταυρό, ενώ διδάσκει αμφιλεγόμενες θεολογικές ερμηνείες στους μαθητές του. Κατηγορείται πως υπερασπίζεται την αίρεση του αρειανισμού και κρύβει κάτω από το στρώμα του απαγορευμένα κείμενα του Έρασμου.

Βλέποντας τη «θεϊκή νέμεση» να πλησιάζει, ο Μπρούνο εγκαταλείπει τη Νάπολη και ξεκινά τις περιπλανήσεις του, που θα τον φέρουν στις σπουδαιότερες πόλεις της Ευρώπης. Πηγαίνει στη Γενεύη, όπου θα αφοριστεί, θα απογοητευτεί με το δογματισμό των καλβινιστών και θα φύγει για τη Γαλλία.

Στη Λυών, στην Τουλούζ, όπου γίνεται λέκτορας φιλοσοφίας, και μετά στο Παρίσι, όπου δίνει διαλέξεις και αποκτά μεγάλη φήμη, λόγω του αξιοθαύμαστου ταλέντου του στην απομνημόνευση. Αποκτά την εύνοια του βασιλιά Ερρίκου ΙΙΙ και άλλων ισχυρών Γάλλων, και γράφει ασταμάτητα.

Ο Ερρίκος ΙΙΙ στέλνει τον Τζορντάνο Μπρούνο στην Αγγλία, όπου αποτυγχάνει να γίνει καθηγητής στο πανεπιστήμιο της Οξφόρδης και αρχίζει να προκαλεί την κοινή γνώμη με τις αμφιλεγόμενες ιδέες του και τον έντονα σαρκαστικό του τρόπο. Δέχεται επίθεση από τον εξοργισμένο όχλο και εγκαταλείπει το Λονδίνο, αυτή τη φορά για τη Γερμανία.

Στο Βίτενμπεργκ, δίνει διαλέξεις πάνω στον Αριστοτέλη, αλλά όταν τα ιδεολογικά ρεύματα της Γερμανίας θα μετατοπιστούν, αναγκάζεται να φύγει για την Πράγα. Εκεί, θα αφοριστεί από τους Λουθηρανούς και το 1591 θα βρεθεί στη Φρανκφούρτη, όπου τον βρίσκει ο Ιταλός πατρίκιος Τζοβάνι Μοτσένιγκο και του ζητάει να τον ακολουθήσει στη Βενετία και να του μεταδώσει την τέχνη της απομνημόνευσης.

Ο Μπρούνο δέχεται, παραδίδει για δύο μήνες μαθήματα κατ’ οίκον στο Μοτσένιγκο, αλλά στη συνέχεια ανακοινώνει στο μαθητή του πως πρέπει να τον εγκαταλείψει. Η ιστορία θέλει το Μοτσένιγκο να στρέφεται κατά του Μπρούνο, σαν άλλος Ιούδας, καταγγέλλοντας το δάσκαλό του στην Ιερά Εξέταση της Βενετίας, που τον συλλαμβάνει στις 22 Μαΐου 1592. Τον βαραίνουν οι κατηγορίες της βλασφημίας, της αίρεσης και της ηθικής παρεκτροπής, λόγω των πεποιθήσεών του για τη μορφή του σύμπαντος, και κυρίως για τις πανθεϊστικές αντιλήψεις του.

The trial of Giordano Bruno by the Roman Inquisition. Bronze relief by Ettore Ferrari, Campo de' Fiori, Rome.

Ο Τζορντάνο Μπρούνο αρνείται να αποκηρύξει τα πιστεύω του και για τα επόμενα 7 χρόνια βασανίζεται στις φυλακές της Ρώμης. Στις αρχές του 1600, ο Πάπας αποφασίζει να τον καταδικάσει σε θάνατο στην πυρά και το δικαστήριο ανακοινώνει την ποινή στον Μπρούνο, που βρίσκεται πεσμένος στα γόνατα. Ο πρώτος μάρτυρας της επιστήμης θα σηκωθεί και θα απαντήσει: «Πιθανόν εσείς, κριτές μου, να ανακοινώνετε την καταδίκη εναντίον μου με μεγαλύτερο φόβο απ’ ό,τι τη δέχομαι εγώ».

The philosopher Giordano Bruno, burned for heresy in 1600, has become a symbol of free expression and tolerance. An Italian Post postmark commemorating the 400th anniversary of the execution of Giordano Bruno. Photograph: EPA

Ο Τζορντάνο Μπρούνο θανατώθηκε δια της πυράς στις 17 Φεβρουαρίου του 1600.












Κυριακή 16 Φεβρουαρίου 2020

Νανο-όπλο κατά της αθηροσκλήρυνσης. Nanoparticle chomps away plaques that cause heart attacks

Μικροσκοπικοί σωλήνες μεταφέρουν στις αρτηρίες φάρμακο-καθαριστικό των αθηρωματικών πλακών. Scientists have invented a nanoparticle that eats away -- from the inside out -- portions of plaques that cause heart attacks. Illustration of atherosclerotic plaque in blood vessel. Credit: © MP / Adobe Stock

Ο δούρειος ίππος ήταν, ως γνωστόν, ο καταλύτης για τη λήξη του Τρωικού Πολέμου υπέρ των Ελλήνων. Αυτό ακριβώς το τέχνασμα χρησιμοποίησαν… πολυμήχανοι επιστήμονες στις ΗΠΑ (μεταξύ των οποίων και ο ελληνικής καταγωγής δρ Παύλος Τσαντίλας) στην προσπάθειά τους να λήξουν έναν άλλον, σύγχρονο αυτή τη φορά, πόλεμο που μετράει εκατομμύρια θύματα παγκοσμίως: πρόκειται για τον πόλεμο με την αθηροσκλήρυνση (ή αθηροσκλήρωση), μια πάθηση των αρτηριών κατά την οποία στα αρτηριακά τοιχώματα σχηματίζονται πλάκες που αποτελούνται από χοληστερόλη καθώς και άλλες ουσίες και προϊόντα του μεταβολισμού των κυττάρων προκαλώντας στένωση και οδηγώντας τελικώς σε καρδιακά και εγκεφαλικά επεισόδια. Οι ερευνητές από το Πανεπιστήμιο Στάνφορντ και το Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Μίσιγκαν μετέφεραν μάλιστα τον πόλεμο με τις αθηρωματικές πλάκες στη…  νανοκλίμακα και δημιούργησαν «νανο-δούρειους ίππους» οι οποίοι κλείνουν μέσα τους μια θεραπεία που κάνει τις αρτηρίες… λαμπίκο (όπως τουλάχιστον έχουν μέχρι στιγμής δείξει πειράματα σε ποντίκια).

Η νέα μελέτη σχετικά με τα νανοσωματίδια που υπόσχονται αποτελεσματικότερη αντιμετώπιση της αθηροσκλήρωσης δημοσιεύθηκε στις 27 Ιανουαρίου στην έγκριτη επιθεώρηση «Nature Nanotechnology». Όπως ανέφερε ο ένας εκ των δύο κύριων συγγραφέων της, καθηγητής Αγγειακής Χειρουργικής και Καρδιαγγειακής Ιατρικής του Πανεπιστημίου Στάνφορντ δρ Νίκολας Λίπερ (ο έτερος κύριος συγγραφέας ήταν ο δρ Μπράιαν Σμιθ, αναπληρωτής καθηγητής Βιοϊατρικής Μηχανικής στο Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Μίσιγκαν), η αθηροσκλήρυνση αποτελεί έναν από τους μεγαλύτερους «δολοφόνους» σε παγκόσμιο επίπεδο. «Οι διαθέσιμες θεραπείες αντιμετωπίζουν τους παράγοντες κινδύνου της αθηροσκλήρυνσης όπως η υψηλή αρτηριακή πίεση και η υψηλή χοληστερόλη, ωστόσο δεν επιτυγχάνουν να αντιμετωπίσουν τη συσσώρευση νοσούντων κυττάρων και τη φλεγμονή στα αρτηριακά τοιχώματα».

Τα νανοσωματίδια έχουν ένα σημαντικό συγκριτικό πλεονέκτημα σε σχέση με τις υπάρχουσες θεραπείες, σύμφωνα με τον καθηγητή Λίπερ: προσφέρουν «ιατρική ακριβείας». «Χρησιμοποιήσαμε νανοσωλήνες οι οποίοι εντός τους μετέφεραν μια πολύτιμη θεραπεία που συρρικνώνει την αθηρωματική πλάκα χωρίς να επηρεάζει τα υγιή κύτταρα».

Παραπλανητικά σήματα

The dotted line outlines the atherosclerotic artery and the green represents our nanoparticles, which are in the plaque. The red indicates macrophages, which is the cell type that the nanoparticles are stimulating to eat the debris. Credit: Bryan Smith, Michigan State University

Πώς επετεύχθη αυτή η συρρίκνωση; Για να δοθεί απάντηση στο συγκεκριμένο ερώτημα πρέπει να πάμε πίσω και να δούμε τον μηχανισμό που εξαρχής επιτρέπει την εναπόθεση των αθηρωματικών πλακών στα αγγεία. Νοσούντα λοιπόν και ετοιμοθάνατα κύτταρα τα οποία αποτελούν κύρια «συστατικά» των αθηρωματικών πλακών αποστέλλουν ένα σήμα «μη με φας!» προς τα κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος – ονομάζονται μακροφάγα – που είναι υπεύθυνα για την απομάκρυνση των «σκουπιδιών» από τον οργανισμό. Οι νανοσωλήνες που ανέπτυξε η ομάδα του δρος Σμιθ στο Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Μίσιγκαν αναλαμβάνουν τον ρόλο των μεταφορέων μιας φαρμακευτικής ουσίας η οποία μπορεί να «σβήσει» το σήμα «μη με φας!» που στέλνουν τα κύτταρα της αθηρωματικής πλάκας προς τα μακροφάγα.

Έτσι τα μακροφάγα «κουβαλούν» μαζί τους αυτούς τους «νανο-δούρειους ίππους» ταξιδεύοντας προς τη φλεγμονώδη αρτηριακή πλάκα και διεισδύοντας εντός της «τρώνε» (ως οφείλουν) τα νοσούντα και ετοιμοθάνατα κύτταρα που την αποτελούν συρρικνώνοντάς την. «Αυτό που ουσιαστικά πετύχαμε με τη συγκεκριμένη προσέγγιση ήταν να επανενεργοποιήσουμε την ικανότητα των μακροφάγων να αναγνωρίζουν ως νοσούντα τα κύτταρα της αθηρωματικής πλάκας και να τα απομακρύνουν» είπε ο δρ Λίπερ.

Ενθαρρυντικά ευρήματα

Τα σχετικά πειράματα… καθαρισμού διεξήχθησαν σε ποντίκια και, όπως προέκυψε, η νανοθεραπεία κατάφερε να μειώσει την αθηρωματική πλάκα τόσο σε θηλυκά όσο και σε αρσενικά πειραματόζωα που δεν είχαν πολύ σοβαρή αθηρωμάτωση κατά 40%. Σε ποντίκια με πιο προχωρημένη αθηρωμάτωση η συρρίκνωση της πλάκας ήταν της τάξεως του 20%. Και όχι μόνο αυτό: «Το μεγάλο πλεονέκτημα της μεθόδου είναι ότι είναι στοχευμένη, με αποτέλεσμα να επηρεάζει κατά το ελάχιστο δυνατό τα υγιή κύτταρα. Έτσι έχουμε πολύ λιγότερη τοξικότητα εκτός των περιοχών-στόχων και δεν εμφανίζονται παρενέργειες όπως αναιμία και οργανικές βλάβες» σημείωσε ο καθηγητής.

Αυτού του είδους η νανοθεραπεία μπορεί να αποδειχθεί «θησαυρός» και για άλλες νόσους όπως ο καρκίνος, τόνισε ο δρ Λίπερ. «Και αυτό διότι οι όγκοι είναι επίσης πλούσιοι σε μακροφάγα τα οποία θα μπορούσαν να ενεργοποιούνται από τους «δούρειους ίππους» μας ώστε να καταστρέφουν τα καρκινικά κύτταρα».

Ποιο είναι το επόμενο βήμα για την ομάδα, ρωτήσαμε τον καθηγητή. Όπως μας απάντησε, «τα αποτελέσματα που είχαμε στα ποντίκια ήταν άκρως ενθαρρυντικά – η προσέγγιση ήταν αποτελεσματική και καλά ανεκτή -, ωστόσο απαιτούνται τώρα περαιτέρω φαρμακολογικές και τοξικολογικές μελέτες καθώς και μελέτες σε μεγαλύτερα μοντέλα ζώων προτού φθάσουμε σε κλινικές δοκιμές σε ανθρώπους οι οποίες ελπίζουμε ότι θα ξεκινήσουν μέσα στα επόμενα χρόνια. Απώτερος στόχος μας είναι βέβαια να φθάσουμε κάποια ημέρα σε ευρεία εφαρμογή της νανο-μεθόδου σε ασθενείς». Σημειώνεται ότι οι ερευνητές έχουν ήδη υποβάλει αίτηση για κατοχύρωση ευρεσιτεχνίας της νέας προσέγγισης, η οποία ελπίζεται ότι θα «δαμάσει» το «μαύρο άτι» που ονομάζεται αθηρωμάτωση στο μέλλον.

Η ελληνική συμμετοχή στη μελέτη

Dr. med. univ. Pavlos Tsantilas

Ο δρ Παύλος Τσαντίλας συμμετείχε στη συγκεκριμένη μελέτη ενόσω έκανε το μεταδιδακτορικό του στο εργαστήριο του δρος Λίπερ στο Πανεπιστήμιο του Στάνφορντ ενώ σήμερα εργάζεται ως ερευνητής και ειδικευόμενος γιατρός στην Αγγειακή Χειρουργική στο νοσοκομείο Rechts der Isar του Τεχνικού Πανεπιστημίου του Μονάχου. Μισός Έλληνας, όπως μας είπε ο ίδιος (ο πατέρας του είναι από τη Θεσσαλονίκη), γεννήθηκε στο Άουγκσμπουργκ κοντά στο Μόναχο. Η έρευνά του αλλά και η κλινική πρακτική του επικεντρώνονται στις αθηρωματικές πλάκες. «Η ανάπτυξη αλλά και η ρήξη των αθηρωματικών πλακών αποτελούν έναν άκρως πολύπλοκο παθολογικό μηχανισμό. Η ρήξη μιας αθηρωματικής πλάκας οδηγεί σε εγκεφαλικό επεισόδιο ή καρδιακή προσβολή – κύριες αιτίες αναπηρίας και θανάτου παγκοσμίως». Στη διαδικασία της αθηρωμάτωσης προτού επέλθει η ρήξη της πλάκας φαίνεται ότι μπορούν να βάλουν «φρένο» τα νανοσωματίδια, όπως είδε η ερευνητική ομάδα στην οποία συμμετείχε ο ελληνικής καταγωγής ερευνητής. «Τα νανοσωματίδια αποτελούν πολύ εκλεπτυσμένα εργαλεία που επιτρέπουν συγκεκριμένη στόχευση στην περιοχή ενδιαφέροντος. Στη συγκεκριμένη περίπτωση συσσωρεύονται στα μακροφάγα και µε τη σειρά τους τα μακροφάγα συσσωρεύονται στις αθηρωματικές πλάκες. Όπως είδαμε, μπορούν να αποτελέσουν πολύ καλούς μεταφορείς θεραπείας αποκλειστικά στην περιοχή-στόχο επιδρώντας παράλληλα λίγο έως καθόλου στους περιβάλλοντες υγιείς ιστούς. Η προσέγγιση αυτή μπορεί να συμβάλει μαζί με άλλες στην αντιμετώπιση νόσων στις οποίες απαιτείται στοχευμένη θεραπεία».

Πηγές: Alyssa M. Flores, Niloufar Hosseini-Nassab, Kai-Uwe Jarr, Jianqin Ye, Xingjun Zhu, Robert Wirka, Ai Leen Koh, Pavlos Tsantilas, Ying Wang, Vivek Nanda, Yoko Kojima, Yitian Zeng, Mozhgan Lotfi, Robert Sinclair, Irving L. Weissman, Erik Ingelsson, Bryan Ronain Smith, Nicholas J. Leeper. Pro-efferocytic nanoparticles are specifically taken up by lesional macrophages and prevent atherosclerosisNature Nanotechnology, 2020; DOI: 10.1038/s41565-019-0619-3 - https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200128114720.htm - https://www.tovima.gr/2020/02/16/science/nano-oplo-kata-tis-athirosklirynsis/




Σάββατο 15 Φεβρουαρίου 2020

Μυστηριώδης αρχαίος πληθυσμός «φάντασμα» ανακαλύφθηκε στη δυτική Αφρική. West Africans Carry DNA from Mysterious Archaic Hominin

Ένας μυστηριώδης αρχαίος πληθυσμός έζησε στη δυτική Αφρική πριν από περίπου μισό εκατομμύριο χρόνια με τους επιστήμονες να πιστεύουν ότι τα γονίδιά του εξακολουθούν να βρίσκονται στον σύγχρονο άνθρωπο. Four West African populations — Yoruba, Esan, Mende, and Gambian — derive 2 to 19% of their genetic ancestry from a yet-undiscovered species of archaic hominin that diverged before the split of modern humans and the ancestors of Neanderthals and Denisovans, according to new research from the University of California, Los Angeles. Durvasula & Sankararaman provide complementary lines of evidence for archaic introgression into four West African populations. Image credit: Bob Wilder, University at Buffalo.

Σύμφωνα με έρευνα που δημοσιεύτηκε στο περιοδικό «Science Advances», αυτός ο «αρχαϊκός πληθυσμός φάντασμα» φαίνεται ότι παρέκκλινε από τους σύγχρονους ανθρώπους πριν οι Νεάντερταλ να απομακρυνθούν από το οικογενειακό δέντρο.

Ο διαχωρισμός εκτιμάται ότι έγινε 360.000 με 1.000.000 χρόνια πριν, υποστηρίζουν οι ερευνητές του Πανεπιστημίου της Καλιφόρνια, στο Λος Άντζελες. Αυτοί οι αρχαίοι άνθρωποι έκαναν παιδιά με τους προγόνους των σημερινών Αφρικανών, την εποχή που οι Νεάντερνταλ αναπαράγονταν με τους προγόνους των σημερινών Ευρωπαίων, γράφουν οι γενετιστές Arun Durvasula και Sriram Sankararaman.

Το DNA από αυτόν τον αρχαϊκό πληθυσμό αποτελεί το 2% έως 19% της γενετικής καταγωγής των σύγχρονων Δυτικών Αφρικανών, προσθέτουν.

Οι ερευνητές του UCLA επισημαίνουν ότι «ενώ αρκετές μελέτες έχουν αποκαλύψει βαθιά γενεαλογία στους σύγχρονους Αφρικανούς, η φύση της παραμένει ελάχιστα κατανοητή». Αυτό οφείλεται εν μέρει στα φτωχά αρχεία απολιθωμάτων στην Αφρική και στη δυσκολία ανάκτησης του αρχαίου DNA.

Οι επιστήμονες από την UCLA ξεπέρασαν αυτές τις προκλήσεις για να βρουν το «φάντασμα» της ανθρώπινης φυλής εφαρμόζοντας μοντέλα ηλεκτρονικών υπολογιστών πάνω στο σύγχρονο DNA.

Συγκεκριμένα, κατασκεύασαν «χάρτες αρχαϊκών καταβολών» σε τέσσερις πληθυσμούς της Δυτικής Αφρικής που ζουν σε τρεις χώρες: τη Νιγηρία, τη Σιέρρα Λεόνε και τη Γκάμπια.

Exactly what species the 'Ghost people' belonged to is unknown, but humans mated with them around 50,000 years ago, researchers discovered. The ancient species split from the common ancestor of humans, Neanderthals and Denisovans more than half a million years ago.

 Οι ερευνητές σύγκριναν 45 γονιδιώματα των Δυτικών Αφρικανών με τα γονιδιώματα του Νεάτερνταλ και του Ντενισόβαν και έλεγξαν αν υπήρξε αλληλοσύνδεση μεταξύ μιας άγνωστης ανθρωπότητας των οποίων οι πρόγονοι απομακρύνθηκαν από το ανθρώπινο οικογενειακό δέντρο πριν από τους Νεάντερταλ. Τα δεδομένα δείχνουν ότι αυτό μπορεί να εμπεριέχει πολλαπλούς πληθυσμούς.

Ο καθηγητής Τζόελ Άιρις, βιοαρχαιολόγος στο Πανεπιστήμιο John Moores στο Λίβερπουλ, δήλωσε στο CNNi ότι πιθανότατα υπήρχαν πολλοί διαφορετικοί αρχαίοι πληθυσμοί.

«Νομίζω ότι σε κάποια χρονική στιγμή, θα υπήρχαν όλα τα είδη των πληθυσμών, με τα γενετικά τους χαρακτηριστικά να έχουν αρκετές διαφορές», λέει ο καθηγητής. «Όλοι τείνουν να ζευγαρώνουν με όλους, νομίζω ότι στο μέλλον θα βρίσκουμε όλο και περισσότερους από αυτούς τους πληθυσμούς - φάντασμα».

Μετά την εξαγωγή των πρώτων γονιδιωμάτων από τα οστά των ανθρώπων της παλαιολιθικής εποχής, οι επιστήμονες ανακάλυψαν το 2010 ότι οι πρώτοι πρόγονοι των Ευρωπαίων, Ασιατών και Αμερικανών αναπαράγονταν με τους Νεάντερταλ.

Τον περασμένο μήνα, ερευνητές από το Ινστιτούτο Γονιδιωμάτων του πανεπιστημίου Lewis-Sigler του Πρίνστον, δήλωσαν ότι ανίχνευσαν επίσης για πρώτη φορά υπολείμματα από το DNA των Νεάντερνταλ στους Αφρικανούς.

Τα στοιχεία τους έδειξαν ότι ένα κύμα σύγχρονων ανθρώπων έφυγε από την Αφρική για την Ευρώπη πριν από περίπου 200.000 χρόνια και αναμείχθηκαν με τους Νεάντερταλ πριν μεταναστεύσουν πίσω στην Αφρική.

Αμφισβητείται έτσι η ευρέως διαδεδομένη θεωρία «εκτός Αφρικής» για την ανθρώπινη μετανάστευση, γεγονός που σημαίνει ότι οι σύγχρονοι άνθρωποι προέρχονταν από την Αφρική και διασκορπίστηκαν στον υπόλοιπο κόσμο κατά ένα μόνο κύμα πριν από 60.000 έως 80.000 χρόνια.



Πέμπτη 13 Φεβρουαρίου 2020

Ο μέσος άνθρωπος στη Γη πετάει φαγητό 527 θερμίδων τη μέρα. We're worse with food waste than we think

Marina Vladimirovna Fedorova, The trash of consumer society. Οι τροφές που χάνονται και πετιούνται, ευθύνονται σχεδόν για το 10% των εκπομπών «αερίων του θερμοκηπίου», σύμφωνα με τον ΟΗΕ. Common estimates for global food waste are too low, according to Dutch researchers, who suggest every person in the world is wasting about 500 calories of food a day. Wasted and lost food accounts for almost 10% of all our greenhouse gas emissions, according to the UN.

Το πρόβλημα της σπατάλης των τροφίμων που καταλήγουν στα σκουπίδια χωρίς να καταναλωθούν, είναι πολύ μεγαλύτερο από τις έως τώρα εκτιμήσεις, υποστηρίζει μια νέα ολλανδική επιστημονική μελέτη. Σύμφωνα με αυτήν ο μέσος άνθρωπος στη Γη πετάει κάθε μέρα φαγητό ισοδύναμο με περίπου 527 θερμίδες. Αν δεν υπήρχε αυτή η σπατάλη, θα μπορούσαν να τραφούν πέντε άνθρωποι, αντί για τέσσερις, από το φαγητό στην κουζίνα ενός μέσου νοικοκυριού.

Η προηγούμενη εκτίμηση από τον Οργανισμό Τροφίμων και Γεωργίας (FAO) των Ηνωμένων Εθνών ήταν ότι κατά μέσο όρο ένας άνθρωπος πετάει καθημερινά φαγητό 214 θερμίδων. Η νέα υπερδιπλάσια ποσότητα των 527 θερμίδων είναι περίπου το ένα πέμπτο των 2.500 θερμίδων που χρειάζεται ένας μέσος άνθρωπος για να διατηρήσει το βάρος του σε φυσιολογικά επίπεδα.

Οι ερευνητές, με επικεφαλής τη Μόνικα βαν ντεν Βέρμα του ολλανδικού Πανεπιστημίου του Βαγκενίγκεν, που ανέλυσαν στοιχεία για τα δύο τρίτα του παγκόσμιου πληθυσμού και έκαναν τη σχετική δημοσίευση στο περιοδικό PLoS One, σύμφωνα με το BBC και το New Scientist, υπολόγισαν ότι η σπατάλη των τροφίμων αρχίζει όταν οι άνθρωποι ξεπερνούν σε μέση καταναλωτική δαπάνη τα 6,7 δολάρια τη μέρα.

Sparrows feeding on leftovers at a cafe in Germany. GETTY IMAGES

Το 2011 ο FAO είχε εκτιμήσει ότι περίπου το ένα τρίτο των παραγόμενων τροφίμων χάνεται και καταστρέφεται πριν φθάσει στους καταναλωτές ή πετιέται από τους τελευταίους. Η νέα εκτίμηση δείχνει ότι, όσον τουλάχιστον αφορά τα νοικοκυριά, το πρόβλημα είναι πολύ μεγαλύτερο από ό,τι είχε αρχικά εκτιμηθεί.

«Το πρόβλημα είναι πολύ χειρότερο από όσο νομίζουμε. Πρέπει να αφυπνιστούμε. Ελπίζω ότι η μελέτη μας θα χτυπήσει το καμπανάκι. Η αξία της τροφής πέφτει όσο κανείς γίνεται πλουσιότερος. Όσα περισσότερα έχει κανείς για να φάει, τόσο πιθανότερο είναι να τα πετάξει τελικά», δήλωσε η βαν ντεν Μπος.

Πέρα από τις απώλειες πολύτιμων τροφών που θα μπορούσαν να θρέψουν τους φτωχούς, υπάρχουν και οι περιβαλλοντικές επιπτώσεις, αφενός όταν επιβαρύνονται οι χωματερές και αφετέρου επειδή επιδεινώνεται η κλιματική αλλαγή, λόγω της υπερβάλλουσας παραγωγής και διακίνησης τροφίμων. Οι τροφές που χάνονται και πετιούνται, ευθύνονται σχεδόν για το 10% των εκπομπών «αερίων του θερμοκηπίου», σύμφωνα με τον ΟΗΕ.

Πηγές: Consumers discard a lot more food than widely believed: Estimates of global food waste using an energy gap approach and affluence elasticity of food waste. PLoS ONE 15(2): e0228369. doi.org/10.1371/journal.pone.0228369 - https://www.bbc.com/news/science-environment-51450727 - https://www.tovima.gr/2020/02/13/science/o-mesos-anthropos-sti-gi-petaei-fagito-527-thermidon-ti-mera/



Νότια Αμερική: Ανακαλύφθηκαν απολιθώματα γιγάντιας χελώνας. Fossils shed new light on car-sized turtle that once roamed South America

Τα απολιθώματα μιας από τις μεγαλύτερες χελώνες που έζησαν ποτέ στις λίμνες και στα ποτάμια της Γης και είχε μέγεθος αυτοκινήτου, ανακάλυψαν παλαιοντολόγοι στη Νότια Αμερική. The huge extinct freshwater turtle Stupendemys geographicus, that lived in lakes and rivers in northern South America during the Miocene Epoch, is seen in an illustration. Photograph: JA Chirinos/Reuters

Πρόκειται για τη Stupendemys που ζούσε πριν επτά έως 12 εκατομμύρια χρόνια και είχε μήκος τρία έως τέσσερα μέτρα, ενώ ζύγιζε γύρω στους 1,25 τόνους, έχοντας περίπου 100 φορές μεγαλύτερο βάρος από τη σημερινή χελώνα του Αμαζονίου μήκους περίπου μισού μέτρου.

Τα αρσενικά -αλλά όχι τα θηλυκά- ήσαν εξοπλισμένα για μάχη, καθώς έφεραν κέρατα. στο καβούκι τους, κοντά στο λαιμό.

Οι ερευνητές, με επικεφαλής τον παλαιοντολόγο Έντγουιν Καδένα του Πανεπιστημίου της Μπογκοτά, που έκαναν τη σχετική δημοσίευση στο περιοδικό «Science Advances», ανακάλυψαν τα απολιθώματα στην έρημο Τατακόα της Κολομβίας και στην περιοχή Ουρουμάκο της Βενεζουέλας, σύμφωνα με το πρακτορείο Ρόιτερς και τη βρετανική «Ιντιπέντεντ».

Palaeontologist Rodolfo Sanchez lies alongside a carapace of the giant turtle Stupendemys geographicus, from Urumaco, Venezuela. Photograph: University of Zurich/Edwin Cadena/PA

Η Stupendemys είναι η δεύτερη μεγαλύτερη γνωστή χελώνα μετά τη θαλάσσια Archelon, που έζησε πριν περίπου 70 εκατομμύρια χρόνια, στο τέλος της εποχής των δεινοσαύρων, και έφθανε σε μήκος τα 4,6, μέτρα.

Τα πρώτα λειψά απολιθώματα της Stupendemys είχαν ανακαλυφθεί στη δεκαετία του 1970, αλλά τα νέα απολιθώματα ρίχνουν περισσότερο φως στο προϊστορικό ζώο.

Μεταξύ άλλων, ανακαλύφθηκε ένα καβούκι μήκους 2,4 μέτρων, το μεγαλύτερο κέλυφος χελώνας που έχει ποτέ βρεθεί στον κόσμο. Η χελώνα του γλυκού νερού τρεφόταν με μικρά ζώα, φίδια, ψάρια, μαλάκια, φρούτα, σπόρους κ.α.

Colombian and Venezuelan paleontologists work together during the excavation of the giant turtle Stupendemys geographicus in northern Venezuela. Photograph: Edwin Cadena/Reuters

Η τροπική και βαλτώδης περιοχή όπου ζούσε, εκτός από τις σημερινές Κολομβία και Βενεζουέλα, περιλάμβανε τη Βραζιλία και το Περού, προτού σχηματιστούν οι μεγάλοι ποταμοί Αμαζόνιος και Ορινόκος.

Paleobiologists have discovered exceptional specimens in Venezuela and Colombia of an extinct giant freshwater turtle called Stupendemys. The carapace of this turtle, which is the largest ever known, measured between 2.4 to almost 3 meters. Moreover, the shell of male Stupendemys had horns - a rare feature in turtles. Photo and illustration: Edwin-Alberto Cadena, Universidad del Rosario

Η χελώνα συμβίωνε σε ένα επικίνδυνο περιβάλλον μαζί με άλλους θηρευτές, όπως γιγάντιους κροκόδειλους και αλιγάτορες (κάιμαν) μήκους 12 μέτρων.





Τετάρτη 12 Φεβρουαρίου 2020

Ρομποτική υπερμικροχειρουργική: Με επιτυχία η πρώτη δοκιμή σε ανθρώπους. Steady-handed robot succeeds in super delicate microsurgery

Ολλανδοί γιατροί κατάφεραν να μετακινήσουν λεμφικά αγγεία του στήθους του ασθενούς και να τα ξανασυνδέσουν με αιμοφόρα αγγεία χάρη στο νέο ρομπότ MUSA. Dutch researchers have assisted in the first in-human trials of robot-assisted supermicrosurgery, which can be performed on vessels in the body as small as 0.3 mm wide. The team says that the surgery is generally limited to the precision and stability of a surgeon's hand, and their new robot, named MUSA, was able to assist in surgeries for multiple patients with breast cancer-related lymphedema. The researchers evaluated the patients' recovery at one and three months after their surgery, and found that MUSA was just as successful when compared with its human counterparts. Journal/conference: Nature Communications

Ολλανδοί γιατροί πραγματοποίησαν επιτυχώς την πρώτη κλινική δοκιμή της ρομποτικά υποβοηθούμενης υπερμικροχειρουργικής σε ανθρώπους. Οι πρόοδοι στην τεχνολογία έχουν επιτρέψει να γίνονται από χειρουργούς επεμβάσεις σε αγγεία μέσα στο σώμα με διάμετρο μόλις 0,3 χιλιοστών.

Όμως η επιτυχία της επέμβασης εξαρτάται καθοριστικά από την ακρίβεια και τη σταθερότητα των χεριών του γιατρού.

Surgeons demonstrate how MUSA can be used to complete extremely small surgeries. Nature Communications

Η υπερμικροχειρουργική με τη βοήθεια μιας ρομποτικής πλατφόρμας μπορεί να λύσει αυτό το πρόβλημα, καθώς επιτρέπει την εκτέλεση πιο λεπτών και σταθερών κινήσεων. Το νέο ρομπότ MUSA της εταιρείας MicroSure δοκιμάστηκε για πρώτη φορά σε 20 ασθενείς με καρκίνο του μαστού και λεμφοίδημα, που χωρίστηκαν τυχαία σε δύο ομάδες και υποβλήθηκαν σε επέμβαση είτε από ανθρώπους χειρουργούς είτε με τη βοήθεια του ρομποτικού συστήματος.

Το ρομποτικό σύστημα βοήθησε τους γιατρούς να μετακινήσουν λεμφικά αγγεία του στήθους και να τα ξανασυνδέσουν με αιμοφόρα αγγεία.

Οι επιστήμονες έκαναν αξιολόγηση της επέμβασης από άποψη διάρκειας (16 έως 20 λεπτά) και επιτυχίας, καθώς και της κατάστασης των ασθενών τόσο ένα μήνα όσο και τρεις μήνες μετά την επέμβαση. Διαπιστώθηκε ότι πράγματι είναι εφικτή η χρήση της ρομποτικής υπερμικροχειρουργικής στους ανθρώπους και ότι οδήγησε σε βελτίωση της ποιότητας ζωής των ασθενών.

Οι γιατροί, με επικεφαλής τον Τομ βαν Μούλκεν του Ιατρικού Κέντρου του Πανεπιστημίου του Μάαστριχτ, που έκαναν τη σχετική δημοσίευση στο περιοδικό «Nature Communications», ανέφεραν ότι μεγαλύτερες κλινικές δοκιμές σε περισσότερους ασθενείς και με τη συμμετοχή περισσότερων χειρουργών θα χρειαστούν, προκειμένου να επιβεβαιωθούν αυτά τα πρώτα θετικά αποτελέσματα, τα οποία είναι πολλά υποσχόμενα για το μέλλον της ρομποτικής υπερμικροχειρουργικής (supermicrosurgery).